לדת הסיינטולוגיה יש מבנה ארגוני שמאחד ומתאם מספר רב ומגוון של פעילויות דתיות, וכולל לא רק אספקת שירות דתי ועיסוק מעשי בסיינטולוגיה, אלא הנהלה ארגונית, העברה של תקשורת, ייצור של חומרי הפצה ופונקציות אחרות נוספות. לכן, קהילתה של דת הסיינטולוגיה מאוחדת גם על-ידי אמונות ועיסוק מעשי משותפים וגם על-ידי מבנה ארגוני שהותאם במיוחד לשליחותה הדתית.
ברמות הנמוכות של הירארכיה זאת נמצאים יועצים רוחניים בשדה, קבוצות דתיות של סיינטולוגיה ומרכזים של סיינטולוגיה שעוסקים בהעברת אודיטינג והכשרה למתחילים. ברמות הגבוהות נמצאים ארגוני סיינטולוגיה גדולים יותר שמספקים את הרמות המתקדמות של שירותי אודיטינג והכשרה דתיים.
מערכת של הנהלה ארגונית בינלאומית אחראית על כל ארגוני הסיינטולוגיה. מכנסיית הסיינטולוגיה הבינלאומית דרך סדרה של משרדי קישור יבשתיים האחראיים על איזורים גיאוגרפיים, מבנה ניהולי זה תומך, מתאם ועובד כדי להבטיח שהפילוסופיה והטכנולוגיות הדתיות של דיאנטיקה וסיינטולוגיה זמינות לכל אחד אשר יחפוץ לקבל אותם וששירותי סיינטולוגיה מיושמיים כפי של. רון האברד קבע.
בגלל שכתבי סיינטולוגיה דורשים שעיסוקים מעשיים דתיים יסופקו בדרך אדוקה, המבנה ההיררכי עוזר לוודא שארגונים יחידים יקבלו את התמיכה וההכוונה הנחוצים כדי לעשות זאת. לכן, לכל הסיינטולוגים מובטח פיקוח דתית אדוק בכל ארגון סביב העולם.
כל ארגון סיינטולוגיה יחיד מהווה חלק נפרד והוא מנוהל על-ידי מועצת מנהלים משלו. הקצינים והדירקטורים יוצרים את ההנהלה של הארגון ואחראיים באופן מלא לספק שירותים לחברי קהילתם ולקהילות מסביבם.
